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股权收购款的支付价格，有平价、低价、溢价以及零价格转让。实务中，个别工商登记机关对股权转让价格不干涉，听凭转让双方的真实意思。但大多数工商登记机关均以“注册资本非经法定程序，不得增加或减少”为由，要求平价转让，否则不予办理变更登记手续。

为解决此种难题，实务中，一般会制作两份股权收购协议，工商登记机关一份，股东自己留一份。提交给工商登记机关的是平价转让，股东自己留的是低价或溢价，甚至零价。

不过，提交给工商登记机关的协议上，一般会写上这样一句话，以做好两份协议的衔接：“此份股权收购协议，仅为办理工商登记所用。在股权收购过程中，双方可达成补充协议，补充协议与本协议不一致的，以补充协议为准”，工商登记机关对此特约条款，一般不作干涉。股东自己留存的股权收购协议中，也会在“鉴于条款”中列明：“本股权收购协议系提交给工商登记机关的股权收购协议的补充协议，两者不一致的，以本协议为准”。