分期股权转让税费何时扣除

自然人股东A持有甲有限公司30%的股权，现将其持有的股权全部转让给乙公司，作价3000万元，该作价与A在甲公司中所持股权对应的净资产份额的公允价值一致。A与乙公司约定，股权转让款分两次支付，第一次在股权转让协议签订生效之日的次日支付1000万元。第二次在股权转让协议生效后的第3个月内支付2000万元。请问，A应缴纳的个人所得税在何时缴纳？如何缴纳？

根据《国家税务总局关于发布<股权转让所得个人所得税管理办法(试行)>的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）的规定，对个人转让股权应纳的个人所得税何时纳税申进行了规定。公告一共规定了六种情形，只要满足其中之一，扣缴义务人、纳税人就需要依法在次月15日内向主管税务机关申报纳税：（一）受让方已支付或部分支付股权转让价款的；（二）股权转让协议已签订生效的；（三）受让方已经实际履行股东职责或者享受股东权益的；（四）国家有关部门判决、登记或公告生效的；（五）本办法第三条第四至第七项行为已完成的；（六）税务机关认定的其他有证据表明股权已发生转移的情形。

可见，自然人A与乙公司签订的股权转让协议生效之次月15日内就应向主管税务机关申报纳税，不需要等到办理完股权变更登记手续才申报纳税。况且，现行的《个人所得税法》规定，市场主体登记机关办理个人转让股权变更登记时，应当查验完税凭证。因此，乙公司应于协议生效之次月十五日内，按股权转让款减除A所持有的甲公司的股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，一次性全额按“财产转让所得”扣缴个人所得税，不管有无实际支付款项或者支付的款项能否覆盖税金。

这就要求交易双方合理安排股权转让协议的生效日期、转让款的支付方式和支付时间以及受让人行使股东权利的时间等条款，为平顺地缴纳个人所得税，办理变更登记手续留足腾挪空间。