应税合并时被合并方缴所得税的应纳税所得额是合并方支付的对价的公允价值减去账面价值吗？

也就是说商誉这部分是被合并方缴过所得税了吗？

解答：

所谓应税合并，就是税法规定的一般性税务处理（与特殊性税务处理相反）。

《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第一条第(五)规定：“合并，是指一家或多家企业(以下称为被合并企业)将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业(以下称为合并企业)，被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。”

《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第四条规定：“企业重组，除符合本通知规定适用特殊性税务处理规定的外，按以下规定进行税务处理：......

(四)企业合并，当事各方应按下列规定处理：

1.合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。

2.被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。

3.被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。......”

因此在合并时，被合并企业在合并完成后将依法注销，被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。

依照《财政部 国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）规定，清算所得是指企业的全部资产可变现价值或交易价格减除资产净值、清算费用以及相关税费等后的余额。

计算公式为：

清算所得=企业的全部资产可变现价值或交易价格-资产的计税基础-清算费用-相关税费+债务清偿损益-弥补以前年度亏损（不是提问中的“账面价值”，而是“计税基础”）

清算所得税=清算所得×25%

因此，计算清算所得税需要处理的内容包括：资产的可变现价值、资产净值（计税基础）、相关税费、亏损弥补额。当然，在合并业务中，“资产变现价值净额”就是合并方支付的股权公允价值+现金款项等。

在企业合并过程中，合并方付出代价的公允价值大于被合并方可辨认资产的公允价值的，就产生正商誉（多数情况），反之就形成负商誉（极少数）。因此，被合并方在计算“清算所得”时已经包括了商誉的价值，如果是正商誉的话则需要计入应纳税所得额计算缴纳企业所得税，反之如果是负商誉则会抵减应纳税所得额。